Windows98SEでtsvb6rt6をインストールして再起動してみましたところ、この現象が再現しました。
公開前にWindowsNT4.0では確認していましたが、Windows98では未確認でした。大変申し訳ありません。（Windows95,Meについても未確認です。）
まだ詳しくは調べられていませんが、VB6.0のSP6をWindows98にインストールすることには問題があるようです。SP5であれば問題なく動作することを確認しています。
つきましては、大変お手数ですが可能であればWindowsの再インストールを行っていただき、その上でVB6.0SP5ランタイムをインストールしてください。
http://curiosat.jpn.org/software/archives/tsvb6rt.exe (約1.7MB)
再インストールせずに問題を解消する方法は、これから探してみます。（私のテスト用環境も、Explorer.exeのエラー頻発やコントロールパネルが開かないなど、かなりおかしくなってしまいました…。）
※先にLED発車標をインストールされたことは、単に起動しないだけで特に問題ないと思います。アンインストーラが起動しないのも、Windows全体の不調の一端かも知れません。
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