了解しました。メモ帳をアクティブにしてもツールバーがおかしい、ということですね。
WindowsXPと「IMEスタンダード」では、同様の現象は起きませんでした。Windows98あるいはIME2000に起因する現象と思われます。
※いますぐ使えるWindows98PCがないので、はっきりとは確認できず申し訳ありません。
経験上、というか、おかしくなったときにほとんど無意識にする「くせ」のようなものですが、何回かメモ帳を最大化・最小化したり、他の通常のウィンドウを持つアプリケーションとの間を行ったり来たりする間に直ってしまいそうな気がします…。
※断言はできませんが、十中八九「LED発車標」に起因する現象ではない気がします。もし問題があるとすれば、ウィンドウに枠がないことと、「常に手前に表示」あたりでしょうか。あまりにも気になるようでしたら、同様の特徴を持つ別のアプリケーションでも試してみてください。