解決したようで何よりです。
時計シリーズとLED発車標では、スタートアップフォルダの使用に起因するトラブルについて度々お問い合わせをいただいています。
フリーソフトやちょっとしたツールでは、インストールしてみて気に入ったら即、スタートアップフォルダに入れる…というのを習慣にしている方も多いかと思います。
インストーラの最終画面で「Windows起動時に毎回起動」といった項目を設けたり、ヘルプに明記することなどにより、スタートアップフォルダの使用による意図しない動作を防止できないか検討中です。
※もちろん、動作の詳細をおわかりいただいた上で、矛盾のない設定をしていただければ問題はありません。