複数起動されている場合、片方で設定を変更しても、他方には反映されません。
また、終了時には自動で設定が保存されます。
この状態で設定変更した方を先に終了し、していない方を後から終了すると、変更前の設定が再度保存されます。つまり、設定が戻ってしまいます。
これは、終了時に(次回のための)ウィンドウの表示位置を保存する際に、その値だけではなくすべての設定値を書き込む仕様になっているためです。
今後のバージョンアップで、設定変更の保存と表示位置の保存を別々にして、古い設定が上書きされないようにできないか検討してみます。
※簡単に確かめてみましたところ、サウンドの設定そのものに不具合は見当たりませんでしたので、上記の原因が考えられるのですが。