失礼しました。前回のご説明では書き方が少し不十分だったかなと思いますので、改めて補足します。
LED発車標を自動的に起動させる設定は、「オプション」ダイアログの「その他」タブにある「Windows起動時にLED発車標を起動する」の項目で行なってください。
つまり、LED発車標については「スタートアップ」フォルダを使わなくて済むようにしてある、ということです。
※「オプション」の「Windows起動時にLED発車標を起動する」を有効にしつつ「スタートアップ」にも登録していれば、2つ起動してしまうはずです。