返信が遅くなり失礼しました。
HT対応プロセッサ、およびマルチプロセッサ環境での動作は確認していません。また、恥ずかしながらプログラミング以外でも(よそ様のPCや店頭デモ等を含め)そのような環境を実際に使用したことが全くなく、どのような動作をするのか把握できていません。(これから調べてみます。)
マルチプロセッサ特有の動作でないとすれば、下記のような原因が考えられます。
・2つの異なるフォルダに重複してインストールした
・レジストリの「Run」キーと「スタートアップ」フォルダの両方が設定され、2回起動している
・何らかの原因で、レジストリの「Run」キーがカレントユーザーとローカルマシンの両方に登録されてしまっている(デフォルトの設定とユーザー固有の設定が重複している)