返信が遅くなってしまい失礼しました。
2000年発売の機種でWindows98SEにDirectX9.0cを導入した環境が用意でき試してみましたが、特に問題は見つかりませんでした。それだけでは断定できませんが、お使いの環境に由来する固有の問題ではないでしょうか。
フリーズとはどのような状態のことかわかりませんが、エラーメッセージも表示されずに終了してしまったり、ブルースクリーンになったりするようであれば、WindowsやDirectXのレベル（ハードウェアに近い部分）での動作が不安定なのではないでしょうか。
なお、DirectXにつきましては最新版になるほど本来のWindows98に必要な動作環境よりも、さらに新しい環境を要求するようになっていたかと思います。お使いの環境が条件に一致するかお確かめいただければ幸いです。
なお、DirectXのアンインストールやダウングレードはできないはずです。古いDirectXに戻す場合、Windowsの再インストールが必要ではないかと思います。
※発車ベルスイッチでは、こちら（http://www.vector.co.jp/soft/win95/prog/se050103.html）のライブラリを使用していますので、DirectX7.0以降を推奨していますが6.1でも動作可能です。また、左記ページにありますように、DirectMusicを使用したMIDIファイルの再生は負荷が高いようです。
